La principal diferencia entre ambas tiendas de aplicaciones es que Apple controla todo lo que aparece desde un inicio en su servicio y en contraste, Android Marketplace permite que cualquier persona suba cualquier aplicación sin control alguno y con toda libertad inicial, para luego una vez que esta aplicación sea usada por la comunidad, la juzguen y de ser el caso la denuncien para que recién la borren del servicio.
Otros puntos son:
Android Marketplace no tiene control de calidad.
Es más fácil de buscar, navegar y filtrar apps en iTunes.
Ambos servicios son estables.
Hay muchas empresas que desarrollan y ofrecen exactamente las mismas apps en ambas tiendas.