rel=”canonical” es un tag propuesto por los principales buscadores (Google, Yahoo y Microsoft) para combatir el contenido duplicado en las páginas webs, blogs y foros. Se trata de un rel que se usa dentro del tag <link /> el cual va entre los tags <head> .... <head /> del HTML de las páginas que contengan contenido duplicado bajo un mismo dominio.
Lo han propuesto oficialmente el 12 de Febrero del 2009, así que este tag es prácticamente nuevo 
El código se escribe así:
<link rel="canonical" href="http://www.aeromental.com/tag/apple/" />
Esto indica que para las páginas que tengan ese canonical, el bot del buscador sabrá que sólo hay que indexar la página que salen en el href, en el ejemplo: http://www.aeromental.com/tag/apple/
WordPress
En un blog de WordPress las páginas con contenido repetido son el pan de cada día, a causa de paginación de posts, paginación de comentarios, tags, uso de www o sin www.,etc. Por ejemplo solo para el Home/Inicio se puede dar el caso de varios URLS con contenido duplicado:
http://yourdomain.com/blog/
http://www.yourdomain.com/blog/
http://yourdomain.com/blog/index.php
http://www.yourdomain.com/blog/?paged=1
http://yourdomain.com/blog/?paged=1
... etcEsto había sido un problema que los amantes del SEO estaban deseando solventar, incluso algunos creen que Canonical es el mayor avance seo desde los Sitemaps.
Plugin
El plugin WP-Canonical de Yoast automáticamente crea canonicals en todo tu blogs, para posts, categorías, páginas, tags, etc.
Lo subes activas y listo. No necesitas configurar nada, Aeromental ya lo usa, Aeromental ya es canónico 
Sin plugin pero sólo para los posts
Si no quieres instlar tan simple plugin, este es el código que aumenta el canonical en los psots de tu blog, que es donde más uno puede sufrir consecuencias de ser penalizados por Google.
Debes añadir este código al function.php del theme de tu blog.
function set_canonical() {
if ( is_single() ) {
global $wp_query;
echo '<link rel="canonical" href="'.get_permalink($wp_query->post->ID).'"/>';
}
}
add_action('wp_head', 'set_canonical');Matt Cuts nos habla sobre rel=”canonical”
El mismo Matt Cutts (Ingeniero representante de Google) nos habla sobre las ventajas de Link Canonical.
Es tan cool que no sólo puedes poner canonical en las páginas repetidas, no hay nada de malo si una página principal tiene su misma URL en canonical hacía sí misma.
Esto es mejor que un noindex, nofollow o alguna otra cosa, el bot nos entenderá mejor. Tampoco es necesario que el contenido de las páginas duplicadas sea exactamente igual.
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Via aNieto